長崎県のうち、原典で「内水氾濫」の欄に「1」（該当）が記録されている指定緊急避難場所は778件、14市町村にあります。市町村コードの順に並べています。
避難先の判断は当サイトではできません。ここにあるのは、原典に記録された名称・住所・対象とする災害種別・緯度経度の索引だけです。距離・最寄り・おすすめ・順位は示していません。開設状況・経路の安全・収容の可否は載っていません。災害発生時は、その災害に対応している指定緊急避難場所へ避難してください（国土地理院の説明）。ご自身の避難先は、市町村が公開したハザードマップと市町村の公式発表で事前に確かめてください。
| 市町村 | 内水氾濫に該当する件数 | 掲載件数 | 原典の最終更新日 |
|---|---|---|---|
| 長崎市 | 236 | 236 | 2025年1月23日 |
| 諫早市 | 69 | 177 | 2026年7月30日 |
| 松浦市 | 33 | 51 | 2025年11月13日 |
| 五島市 | 43 | 44 | 2026年8月24日 |
| 西海市 | 74 | 75 | 2025年11月7日 |
| 雲仙市 | 90 | 90 | 2026年3月24日 |
| 南島原市 | 44 | 49 | 2025年11月21日 |
| 長与町 | 1 | 60 | 2025年12月22日 |
| 時津町 | 48 | 50 | 2025年1月23日 |
| 東彼杵町 | 7 | 10 | 2025年1月23日 |
| 川棚町 | 9 | 9 | 2025年1月23日 |
| 波佐見町 | 19 | 26 | 2025年6月5日 |
| 佐々町 | 7 | 7 | 2025年1月23日 |
| 新上五島町 | 98 | 115 | 2025年1月23日 |
長崎県の残り7市町村には、「内水氾濫」に該当すると原典に記録された施設がありません（掲載が0件の市町村を含みます）。その災害が起きないという意味ではありません。各市町村の掲載内容は長崎県の一覧から確認できます。
災害種別の読み方。原典（国土地理院）の凡例は、8つの災害種別それぞれについて「対象とする異常な現象の種類が「○○」の指定緊急避難場所、該当は「1」、非該当は無記入」と定めています。全国115,882件を実際に数えると、この8欄に入っている値は1と無記入の2種類だけで、0や-は1件もありませんでした。そこで当サイトは原典の指定どおり、一覧の8つの列に「該当」「無記入」という言葉をそのまま書いています（○×などの記号には置き換えていません）。無記入は「その災害のときに安全」という意味ではありません。指定の有無や最新の状況は、必ず当該市町村にご確認ください。