熊本県のうち、原典で「内水氾濫」の欄に「1」（該当）が記録されている指定緊急避難場所は907件、29市町村にあります。市町村コードの順に並べています。
避難先の判断は当サイトではできません。ここにあるのは、原典に記録された名称・住所・対象とする災害種別・緯度経度の索引だけです。距離・最寄り・おすすめ・順位は示していません。開設状況・経路の安全・収容の可否は載っていません。災害発生時は、その災害に対応している指定緊急避難場所へ避難してください（国土地理院の説明）。ご自身の避難先は、市町村が公開したハザードマップと市町村の公式発表で事前に確かめてください。
| 市町村 | 内水氾濫に該当する件数 | 掲載件数 | 原典の最終更新日 |
|---|---|---|---|
| 熊本市 | 317 | 317 | 2025年1月23日 |
| 八代市 | 102 | 102 | 2026年8月17日 |
| 人吉市 | 28 | 28 | 2025年12月8日 |
| 玉名市 | 7 | 7 | 2025年1月23日 |
| 山鹿市 | 40 | 43 | 2025年11月14日 |
| 菊池市 | 49 | 56 | 2026年3月9日 |
| 上天草市 | 55 | 61 | 2026年2月5日 |
| 天草市 | 10 | 158 | 2025年11月4日 |
| 合志市 | 43 | 47 | 2025年12月5日 |
| 美里町 | 1 | 11 | 2025年1月23日 |
| 玉東町 | 6 | 6 | 2026年7月30日 |
| 南関町 | 14 | 15 | 2025年1月23日 |
| 長洲町 | 9 | 30 | 2025年1月23日 |
| 大津町 | 29 | 29 | 2025年11月4日 |
| 南小国町 | 4 | 4 | 2025年1月23日 |
| 産山村 | 5 | 5 | 2025年1月23日 |
| 高森町 | 15 | 15 | 2025年1月23日 |
| 西原村 | 1 | 1 | 2025年12月8日 |
| 南阿蘇村 | 44 | 44 | 2025年1月23日 |
| 益城町 | 22 | 61 | 2025年6月16日 |
| 氷川町 | 11 | 13 | 2025年11月25日 |
| 芦北町 | 33 | 44 | 2025年1月23日 |
| 津奈木町 | 2 | 13 | 2025年10月28日 |
| 錦町 | 3 | 3 | 2025年11月5日 |
| 湯前町 | 7 | 7 | 2025年1月23日 |
| 水上村 | 32 | 34 | 2025年1月23日 |
| 相良村 | 7 | 7 | 2025年1月23日 |
| 球磨村 | 6 | 6 | 2026年2月19日 |
| あさぎり町 | 5 | 7 | 2025年1月23日 |
熊本県の残り16市町村には、「内水氾濫」に該当すると原典に記録された施設がありません（掲載が0件の市町村を含みます）。その災害が起きないという意味ではありません。各市町村の掲載内容は熊本県の一覧から確認できます。
災害種別の読み方。原典（国土地理院）の凡例は、8つの災害種別それぞれについて「対象とする異常な現象の種類が「○○」の指定緊急避難場所、該当は「1」、非該当は無記入」と定めています。全国115,882件を実際に数えると、この8欄に入っている値は1と無記入の2種類だけで、0や-は1件もありませんでした。そこで当サイトは原典の指定どおり、一覧の8つの列に「該当」「無記入」という言葉をそのまま書いています（○×などの記号には置き換えていません）。無記入は「その災害のときに安全」という意味ではありません。指定の有無や最新の状況は、必ず当該市町村にご確認ください。